Pro neexistenci zastupitelského úřadu byla v dalších letech vyvinuta snaha zřídit v džibutském hlavním městě honorární konzulát. Ten byl otevřen v roce 1999 a v roce 2007 povýšen na honorární generální konzulát.

Počátkem roku 1999 bylo uděleno agrément PhDr. Zdeňku POLÁČKOVI, prvnímu nerezidentnímu mimořádnému a zplnomocněnému velvyslanci České republiky se stálým sídlem v Addis Abebě, který následně, dne 8. března 1999 předal prezidentu Džibutské republiky své pověřovací listiny.

Dne 18. února 2003 bylo uděleno agrément Ing. Miroslavu KŘENKOVI, nerezidentnímu mimořádnému a zplnomocněnému velvyslanci České republiky se stálým sídlem v Addis Abebě, který následně, dne 8. prosince 2003 předal prezidentu Džibutské republiky své pověřovací listiny. O akreditaci svého tituláře v České republice - z důvodu nízké intenzity vzájemných vztahů - zatím nejeví vláda Džibutské republiky zájem.

Dne 15. září 2005 bylo požádáno o agrément pro nového designovaného mimořádného a zplnomocněného velvyslance České republiky se stálým sídlem v Addis Abebě. Agrément bylo uděleno dne 11. února 2006 a dne 15. května 2006 předal Ing. Zdeněk DOBIÁŠ, nový mimořádný a zplnomocněný velvyslanec své pověřovací listiny prezidentu Džibutské republiky Isma ïlu Omaru GUELLEHOVI.

V roce 2007 poskytla Česká republika Džibutsku humanitární dar ve výši 400.000 Kč na odstraňování následků dlouhodobého sucha. V současnosti se Armáda České republiky podílí na námořní operaci EUNAVFOR Somalia – ATALANTA, do jejíchž velitelských struktur v britském Northwoodu delegovala tři důstojníky.

Dne 28. února 2011 předal velvyslanec ČR v Addis Abebě Ing. Marek LIBŘICKÝ pověřovací listiny do rukou prezidenta Džibutska p. Ismaila Omara Guelleha.

 

Obchod:

Džibutský přístav slouží jako hlavní vstupní brána na etiopský trh minimálně od roku 1917, kdy bylo dokončeno železniční spojení do Addis Abeby. Zásadní úlohu tak hraje i pro vzájemný obchod České republiky s Etiopií. V roce 2000 kompletně do 20tiletého pronájmu dubajské společnosti Dubai Ports International (součást holdingu Dubai World). Dubajští investoři pokračovali v roce 2003 založením přilehlé zóny volného obchodu. V únoru 2009 byl v blízkosti hlavního města a původního přístavu uveden do provozu nový moderní kontejnerový terminál Doraleh, který učinil z Džibuti druhý největší přístav východoafrického pobřeží po jihoafrickém Durbanu. V současnosti navíc začíná výstavba dalšího nákladního přístavu ve městě Tadžura sloužícího k přepravě nebalených sypkých komodit. Džibuti tímto krokem chce reagovat na rostoucí regionální poptávku po logistických službách danou především ekonomickou konjunkturou sousední Etiopie.

Česko-džibutská obchodní výměna se posledních letech pohybuje v řádu desítek tisíc USD (konkrétní hodnoty jsou proměnlivé mezi 60.000 a 270.000 USD). Dříve vzájemnému obchodu dominoval vývoz zápalek Solo Sušice a holících čepelek, komoditní skladba obchodní výměny se však v posledních letech změnila. V lednu 2011 byl džibutskému letectvu dodán letoun L 410 vyrobený kunovickou firmou Aircraft Industries.

Česká republika nemá s Džibutskem sjednané žádné mezinárodní smlouvy.