Československý konzulát v Alexandrii byl otevřen v roce 1920, necelé dva roky po vzniku nezávislé Československé republiky. Hlavním cílem konzulátu byla ochrana zájmů československých občanů v Egyptě a rozvoj obchodních vztahů mezi oběma zeměmi. I v době britského protektorátu v Egyptě byl tento považován za strategického a důležitého partnera v oblasti. Jeho význam potvrzuje fakt, že konzulát v Alexandrii byl ve své době jedinou československou misí v Africe a na Blízkém východě. Později, v roce 1921 se rada ministrů Československa rozhodla otevřít v Egyptě další zastoupení, tentokrát na úrovni generálního konzulátu v Káhiře.

Dne 28. ledna 1922 získal Egypt nezávislost a bylo vyhlášeno Egyptské království. Československo uznalo Egypt jako nezávislý suverénní stát 28. července 1922. Dokument o uznání nezávislosti Egypta byl předán do rukou egyptského ministerského předsedy Generálním konzulem v Káhiře Cyrilem Duškem. 1. listopadu 1922 vydala egyptská strana svůj souhlas s nominací Cyrila Duška jako vyslance Československa v Egyptě. Toto datum je považováno za den navázání diplomatických vztahů mezi oběma zeměmi.

Československé vyslanectví v Káhiře bylo oficiálně otevřeno 14. dubna 1923, kdy československý vyslanec Cyril Dušek předal své pověřovací listiny králi Fuadovi. Vzájemné vztahy byly od té doby udržovány na úrovni Chargé d´Affaires.

Rozhodnutím československé vlády z dubna 1956 bylo Egyptu, který mezitím vyhlásil 23. července 1956 Egyptskou republiku, navrženo zvýšit úroveň vzájemných vztahů na úroveň velvyslanectví. Tento návrh byl Egyptskou republikou přijat a od 27. června 1956 do dnešního dne jsou vzájemné vztahy mezi oběma zeměmi udržovány na úrovni velvyslanectví.