Klíčovým nástrojem politik všech států, které přistoupily na Evropský systém obchodování s emisemi , je tzv. Národní alokační plán NAP.

Vláda v něm stanovuje objem oxidu uhličitého, který dovolí vypouštět jednotlivým elektrárenským, hutním či cementářským společnostem a dalším znečišťovatelům. Každá továrna dostane určité množství povolenek. Pokud způsobí menší znečištění, může svůj přebytek prodat - a naopak si povolenky musí dokoupit, pokud chce znečišťovat více, než kolik dostala.

Pravidla obchodování s emisními povolenkami stanovuje zákon č. 695/2004 Sb a směrnice 2003/87/EC. Příprava NAP je jednou z povinností, vyplývajících ze směrnice 2003/87/EC. Směrnice byla schválena a vstoupila v platnost, její transpozice a implementace je tedy pro všechny členské státy povinná. Je povinná např. i pro Maltu a Kypr, které z hlediska mezinárodních závazků v rámci Kjótského protokolu závazek ke snížení emisí skleníkových plynů nemají (nespadají do Přílohy I Kjótského protokolu, tzv. Annex I. countries).
NAP samotný poté lze snad nejlépe popsat jako nástroj směrnice k "naplňování" systému povolenkami, jde o plán určující alokaci povolenek pro jednotlivá zařízení spadající do systému pro dané obchodovací období; jeho návrh je každý členský stát povinen zaslat Komisi k posouzení nejpozději v termínu do 18 měsíců před zahájením daného obchodovacího období.

Dne 6.12.2006 vláda schválila Národní alokační plán pro roky 2008-2012 ve výši 101,9 mil. povolenek na rok. Jedná se již o tzv. NAP2 (pro druhé obchodovací období). Množství povolenek odpovídá společnému návrhu MPO a MŽP, který ministr Říman a ministr Kalaš představili 31.října a následně jej předložili veřejné diskusi. Návrh alokačního plánu předalo Stálé zastoupení ČR při EU Evropské komisi 18.12. prosince 2006, jeho posouzení Evropskou komisí má být provedeno do 3 měsíců, tedy do 18.3.2007.

Dne 16.1. Evropská komise přijme druhou sadu rozhodnutí o národních alokačních plánech. Rozhodnutí se budou tentokráte vzahovat ke třem zemím: Belgii, Kypru a Nizozemsku. Česká republika bude svůj plán představovat v nejbližší době.

• Národní alokační plán ČR

  - plný text v pdf

• Evropská komise

  - obchod s emisemi

• Evropská komise 2. fáze (2008-2012)

  a plány dalších evropských zemí

• Ministerstvo průmyslu a obchodu
• Hnutí Duha - národní alokační plán
• Climate change - EU Emissions Trading Scheme (EU-ETS) (EN)

  - EurActiv

• Strana zelených

  k povolenkám

Za implementaci Směrnice do českého právního řádu je v České republice odpovědné Ministerstvo životního prostředí, které také dle příslušné legislativy připravilo ve spolupráci s Ministerstvem průmyslu a obchodu NAP. Věcně odpovědným útvarem na MŽP je odbor změny klimatu (OZK), které při přípravě NAP a podkladů pro jeho zpracování spolupracovalo kromě dalších odborných útvarů MŽP s dalšími institucemi či organizacemi, zejména, Českým hydrometeorologickým ústavem (ČHMÚ), Českou inspekcí životního prostředí (ČIŽP) a Českou informační agenturou životního prostředí (CENIA). Přípravě NAP byla též věnována část aktivit projektu " Setting up a CO2 emissions trading scheme in the Czech Republic", který je financován holandskou vládou a jehož řešitelem je konsorcium firem Pricewaterhouse Coopers s.r.o. a Seven o.p.s. Při tvorbě a zpracování podkladů spolupracoval OZK též s Institutem pro strukturální politiku o.p.s. Pro projekce emisí byla dále použita data Českého statistického úřadu (ČSÚ) a výpočty pro účely přípravy projekcí emisí skleníkových plynů, kde byl využit model Markal (Enviros, 2003, 2005, 2006). Některé dílčí analýzy a dokumentaci produkce emisí či další podklady poskytly i jednotlivé průmyslové svazy.

Klíčovými podklady pro tvorbu NAP byly údaje o emisích jednotlivých zdrojů z databáze emisí REZZO spravované ČHMÚ a údaje o historických emisích skleníkových plynů (1999 - 2001) poskytnuté jednotlivými podniky na základě dotazníkové akce, organizované MŽP v průběhu února a března 2004. Dalšími zdroji dat byly verifikované údaje o emisích za rok 2005.