Zdravotní péče v zemi je na nízké úrovni, dobrých zdravotnických zařízení je málo, určitý výběr je pouze v Lagosu, Abuji a hlavních městech jednotlivých států. Pokud berete nějaké léky, přivezte si dostatečnou zásobu na celou dobu pobytu, protože mnoho léků není v zemi dostupných, nebo jsou předražené. Doporučujeme mít uzavřené kvalitní cestovní pojištění.
Velké zdravotní nebezpečí představuje zejména malárie a střevní choroby. Doporučujeme obezřetnost při stravování, i v lépe vyhlížejících zařízeních. Platí obecná doporučení pro cestování do rizikových zemí – konzumovat pouze dobře tepelně zpracované pokrmy, nápoje bez ledu, ovoce a zeleninu pouze takovou, kterou lze oloupat. Vodní zdroje mohou být kontaminované parazity.
Před cestou doporučujeme navštívit minimálně s tříměsíčním předstihem některé centrum cestovní medicíny a konzultovat s lékařem nutná očkování, zejména pokud hodláte dlouhodoběji pobývat mezi lokální populací. Očkování proti žluté zimnici je povinné a při vstupu do země je potřeba ho prokázat záznamem v mezinárodním očkovacím průkazu. Vysoce doporučeno je očkovaní proti žloutence A i B, břišnímu tyfu a meningitidě.
Za zdravotnických zařízení může Velvyslanectví ČR v Abuji doporučit např. pobočky St. Francois Medical Centre (http://stfrancoismedicalcenter.com/location.htm) v Abuji a v Lagosu (Abuja: Plot No. 501, Bangui Street, Wuse II, Abuja, tel. +234 (0) 8079720888, +234 (0) 8138832650; Lagos: 24 Keffi Street, Iloyi, Lagos, tel. +234 (0) 8079720888, +234 (0) 8037058454).