Dobrou a kvalitní zdravotnickou péči poskytují zpravidla pouze poměrně drahá zejména komerční zdravotnická zařízení, která se nacházejí většinou jen v největších městech.

Doporučuje se očkování proti virové hepatitidě A (B při delším pobytu, vysoce endemická je i virová hepatitida E), poliomyelitidě a břišnímu tyfu. Před odjezdem do Indonésie je třeba prověřit platnost očkování proti tetanu, popř. proti poliomyelitidě. K získání pracovního povolení musí mít cizinec potvrzení o negativním výsledku testu na HIV.

Riziko nákazy malárií je celoroční na celém území, s výjimkou Jakarty, větších měst a významných turistických center na Jávě a Bali. V zemi se rovněž celoročně vyskytují komáři přenášející horečku dengue. Čestnost případů horečky dengue vrcholí v zimním deštivém období, většina případů je u této nemoci zaznamenána ve velkých městech.

V minulosti v souvislosti s výskytem tzv. ptačí chřipky na většině území Indonésie a s ojedinělými případy vyskytujícími se i nyní doporučujeme českým občanům cestujícím do této země, aby dbali zvýšené opatrnosti a důsledně dodržovali pravidla hygieny. V žádném případě nedoporučujeme konzumaci tepelně nedostatečně zpracovaného drůbežího masa či vajec, návštěvy drůbežích závodů a farem nebo ptačích trhů a kontakt s uhynulými zvířaty.

Nutná je obezřetnost při konzumaci potravin a vody (zásadně nepít vodu z vodovodní sítě!). Repelenty na obtížný hmyz doporučujeme vzít s sebou nebo je zakoupit v místě a důsledně používat, zejména s ohledem na nemoci přenášené komáry.

Mezi zvířaty je rozšířena vzteklina, při pobytu v nepřehledném terénu hrozí nebezpečí uštknutí jedovatými hady.

Čísla, která se vyplatí před odjezdem zapsat:
Policie 110
Hasiči 113
Lékařská záchranná služba 118, 119

Předvolba pro volání do Indonésie je + 62. Následuje oblastní kód např. 21 (bez nuly) v Jakartě. Volání z indonéské SIM začíná 021, popř. 081, 082 na mobilní telefon.

Velvyslanectví ČR v Jakartě můžete kontaktovat ve všední dny od 8:00 do 16:30 hodin na telefonním čísle +62 21 2396112 nebo +62 21 2396113. Po 16:30 a mimo pracovní dny či v případě nouze použijte nouzové mobilní číslo +62-815-84477000 (pouze pro telefonní hovor a nikoliv pro textové zprávy).

Velvyslanectví ČR (Kedutaan Besar Republik Ceko), se nachází v centru Jakarty, ve čtvrti Menteng, blízko nákupního centra Grand Indonesia a hotelu Hyatt.