Ministerstvo zahraničních věcí doporučuje cestovatelům, aby využili sytém Dobrovolné registrace občanů ČR při cestách do zahraničí (DROZD - http://drozd.mzv.cz/), zejména v případě, že se chtějí po Indonésii pohybovat mezi regiony a navštívit i oblasti mimo hlavní turistické destinace.

Při pobytu v Indonésii si turisté musí turisté řádně hlídat své osobní věci (hlavně peníze, pasy, letenky). Už před cestou je vhodné si pořídit fotokopii datové stránky pasu; v případě jeho ztráty se tak urychluje a zjednodušuje vyhotovení náhradního cestovního dokladu, potřebného pro návrat do ČR.

Zvýšenou pozornost je třeba věnovat otázce pouliční kriminality, zejména kapesním krádežím. V minulosti byly zaznamenány případy podvodného využití kreditních karet po zkopírování údajů při platbě v obchodě. Na bezpečnost je třeba dbát i při využití bankomatů; metody podvodníků jsou obdobné jako v Česku: přídavné zařízení pro čtení informací z karty, falešné číslo asistenční služby atd.

Pro jízdu taxíkem je vhodné využívat jen vozidla renomovaných firem, nejlépe přistavená přes telefonní objednávku nebo na označených stanovištích u větších hotelů a nákupních středisek. Auto by mělo být vždy vybaveno taxametrem a řidič by ho měl používat.

Indonésie se nachází na okrajích lomu tří tektonických desek (Pacifické, Euroasijské a Australské), díky čemuž je na jejím území přibližně 150 aktivních sopek a dochází zde k častým zemětřesením. V některých oblastech, zejména u severozápadní Sumatry, bývá zemětřesení doprovázeno i rizikem vzniku vln tsunami. Vysoké vlny a rozbouřené moře bývají poměrně obvyklým jevem během roku v některých částech Indonésie.

Cestovatelé by měli dbát na osobní bezpečnost a dobře se informovat o aktuální situaci v té časti země, do níž cestují; platí to zejména o cestování do vzdálených a odlehlých oblastí, v nichž se vyplatí doprovod spolehlivého místního průvodce. V případě vzniku nebezpečí by měli kontaktovat Velvyslanectví ČR v Jakartě a zpravidla se řídit doporučeními místních úřadů.

Indonésie je převážně muslimská země a islám má tradičně na většině jejího území umírněnou a tolerantní podobu, i když v posledních letech je zřetelný trend jeho výraznějšího prosazování ve veřejné sféře. Ve většině turistických oblastí se turistky nemusí oblékat podle specifických pravidel. Jedinou provincií, kde se významně uplatňuje islámské právo a jeho dodržování vynucuje místní policie, je provincie Aceh na severní Sumatře. Ženy se obzvláště při cestách do Acehu nebo jiných oblastí mimo hlavní turistická centra (např. na ostrovech Malé Sundy) budou lépe cítit ve volném zakrývajícím oblečení. Přísný pohled okolí je dobré mít na paměti i při koupání v moři.

Indonésie patří mezi země, které tvrdě postihují obchod s drogami a jejich držení, přechovávání a požívání. Za drogové delikty je ukládán trest smrti a v r. 2013 byl obnoven jeho výkon, předtím pozastavený. Cizinců odsouzených k trestu smrti je v současnosti několik desítek.

V posledním desetiletí bylo proti cizincům v Indonésii směrováno několik teroristických útoků, od výbuchu na Bali v r. 2002 po odpálení náloží v hotelích JW Marriott a Ritz-Carlton v Jakartě v r. 2009. Tyto i další teroristické akce provedla militantní islamistická organizace Jemaah Islamiyah (JI). Indonéské úřady zatkly nebo zlikvidovaly většinu významných členů JI a zdá se, že organizace dnes v zemi nemá funkční strukturu, nicméně nebezpečí teroristických útoků trvá. V posledních letech šlo o akce malých skupin nebo jednotlivců, namířené proti místním, zejména policejním cílům. Nelze ale vyloučit, že mohou být opět zaměřeny na místa, kde se shromažďují cizinci, jako jsou noční kluby, bary, restaurace, hotely a letiště.

Znalost cizích jazyků mimo hlavní turistická centra je slabší, v hotelích je však možné se domluvit anglicky bez větších problémů. Z velké většiny nižší indonéští úředníci anglicky nehovoří a při jednání s úřady je nutné počítat s byrokratickými průtahy, které mohou pobyt v zemi znepříjemnit. Nedodržení imigračních zákonů (např. pobyt po ukončení doby platnosti víza, pohyb v citlivých oblastech země bez patřičného povolení) se trestá pokutou nebo vyhoštěním.

Provincie

Papua a Západní Papua – V indonéské části ostrova Papua pokračují sporadické útoky ozbrojených separatistických skupin proti úřadům centrální vlády a podél hranice s Papuou-Novou Guineou je permanentně rozmístěna indonéská armáda. Vstup do provincií Papua a Západní Papua je možný pouze s povolením (Surat Keterangan Jalan – SKJ) od místního imigračního úřadu nebo policie ve městech Jayapura, Biak a Sorong. K vydání povolení se vyžaduje pas, fotografie a jména míst, která cestovatel plánuje navštívit. Novináři, kteří se chystají v provincii natáčet, fotografovat nebo psát reportáže, potřebují speciální povolení a vízum odpovídajícího typu. Pro tyto účely nelze využít turistické vízum. Návštěvu oblasti lze doporučit jen zkušeným cestovatelům ve skupině. Při plánování cesty je vhodné myslet i na způsob evakuace v případě úrazu, v oblasti neexistuje záchranná služba.

Aceh – Život v Acehu hluboce poznamenala ničivá vlna tsunami v roce 2004 a předtím 30letý separatistický konflikt s indonéskou vládou, ukončený dohodou v roce 2005. Aceh získal rozsáhlou autonomii a prošel zásadní rekonstrukcí, ale tamní situace stále není zcela stabilní. Projevy politického násilí provázely volbu guvernéra Acehu v dubnu 2012. Přestože násilnosti nesměřují primárně proti zahraničním návštěvníkům, byli v listopadu 2009 postřeleni tři cizinci. V roce 2012 v provincii proběhly první svobodné volby, které vyhrála místní strana Partai Aceh a tato provincie začala ještě více směřovat k uplatňování islámského práva. V současné době v provincii platí islámské právo šaría a funguje zde i islámská policie s posílenými pravomocemi, která dohlíží praktické naplňování práva šaría a zaměřuje se především na místní obyvatele. Zaznamenány nicméně byly případy, kdy obtěžovala zahraniční návštěvníky.

Moluky a Severní Moluky – Po střetech mezi křesťany a muslimy v letech 1999 a 2002 ve městě Ambon, při nichž zahynulo několik tisíc lidí, dochází v oblasti k občasným výbuchům násilí a je vhodné se před návštěvou informovat o aktuální situaci v oblasti.

Severní a Střední Sulawesi – Při cestě do oblastí na hranici s Filipínami je dobré vědět, že na jihozápadě Filipín v provinciích Sulu a Basilan operuje teroristická skupina Abu Sayyafa v počtu kolem 300 mužů, napojená na al-Káidu.
V provincii Střední Sulawesi nelze vyloučit možnost politicky motivovaného násilí. Střety mezi muslimy a křesťany významně omezila dohoda z roku 2001, nicméně i v posledních letech se objevují ojedinělé incidenty.

Bali a Lombok - Na ostrově Bali může dojít k okradení nepozorných turistů při výměně peněz v malých improvizovaných směnárnách a dále k drobným kapesním krádežím; násilná loupežná přepadení jsou spíše výjimkou. Majetkovou trestnou činnost tohoto rozsahu policie prakticky nevyšetřuje, pouze sepíše protokol a tím případ uzavře. Požívání místního destilátu – araku – nebo z něj míchaných nápojů může být životu nebezpečné. Na některých místech se nabízí arak destilovaný za velmi primitivních podmínek bez náležité technologické kontroly, obsahující metanol. Na jaře 2009 v důsledku požití araku ze stejného zdroje zemřelo přes 20 cizinců, jednotlivé případy úmrtní zahraničních turistů po požití araku byly zaznamenány i v roce 2012 a 2013. Na Bali je třeba se vyvarovat jakéhokoliv kontaktu s potulnými psy, kočkami a opicemi, mezi nimiž je častý výskyt vztekliny. Z minulosti byly zaznamenány případy úmrtí na vzteklinu, při většími výskytu tohoto onemocnění na ostrově je určité riziko, že by mohlo dojít k nedostatku očkovacího séra k aplikaci po kousnutí zvířetem. Obecně ale, zejména komerční nemocnice v provincii Bali by měly mít „určité zásoby“ očkovacího séra.

Návštěvníkům Lomboku, kteří hodlají provozovat vysokohorskou turistiku v okolí sopky Rinjani, se doporučuje využívat k doprovodu pouze registrovaných průvodců. Na ostrově působí skupiny, které se zaměřují na loupežné přepadávání zahraničních návštěvníků.