Čeští občané, držitelé platného českého cestovního pasu, mohou pobývat na území Japonska bez víz po dobu nepřesahující 90 po sobě jdoucích dnů. Toto se nevztahuje na české občany, kteří hodlají do Japonska vstoupit za účelem získání zaměstnání nebo trvalého pobytu, výkonu povolání nebo účasti na veřejných kulturních a sportovních akcích za úplatu nebo za účelem pobytu přesahujícího 90 po sobě jdoucích dnů.

Před vstupem na území Japonska je každý návštěvník podroben odběru biometrických dat.Návštěvník je požádán o poskytnutí otisků obou ukazováků a je pořízena digitální fotografie jeho obličeje. Získaná data jsou porovnána s databází osob, které Japonsko považuje za nežádoucí. Cestující, který odmítne biometrické údaje poskytnout, nebude na území Japonska vpuštěn a na vlastní náklady bude nejbližším spojem navrácen do země, ze které do Japonska přicestoval.

Ještě v letadle je třeba vyplnit imigrační dotazník, který cestovatel obdrží od palubního personálu dopravce. Jeho část je vloženo do cestovního pasu, druhá zůstává v evidenci imigračního úřadu. Uvedený dotazník slouží de facto jako hraniční průvodka, avšak bez fotografie.
Přihlašovací povinnost u krátkodobých pobytů (tj. do 90 dnů) není v Japonsku stanovena.
Samostatnou kategorii cestujících tvoří investoři a manažeři, kterým je po splnění příslušných požadavků udělován souhlas s pobytem na dobu 6 měsíců, jeden rok nebo tři roky. Žádost se předkládá předem na japonském velvyslanectví a musí být doložena řadou dokumentů o osobě žadatele, zajištění jeho pobytu , o firmě, ve které bude žadatel působit (resp. ji zastupovat), včetně podrobného podnikatelského plánu. Vyřízení žádosti trvá cca 2 - 3 měsíce.
Je třeba upozornit na skutečnost, že příslušné japonské imigrační předpisy přiznávají imigračním úředníkům řadu oprávnění při posuzování a rozhodování o žádostech o krátkodobý pobyt nebo o dlouhodobý pobyt a umožňují jim vyžadovat od žadatele dodatečné písemné dokumenty či garance. Výše uvedené informace lze proto pokládat pouze za základní s tím, že je nezbytné konzultovat v individuálních případech žádosti s japonským zastupitelským úřadem v Praze nebo v místě dlouhodobého/trvalého pobytu žadatele.

Před vstupem na území Japonska by měl být turista připraven na pohovor s úředníkem imigrační policie, při němž by měl prokázat účel své cesty, tj. přesně specifikovat svůj program na jednotlivé dny. K tomu potřebuje předložit kromě platného cestovního pasu zpáteční letenku, přiměřené množství finančních prostředků v hotovosti nebo v šecích a doklad o ubytování. Místo dokladu o ubytování lze uvést adresu a jméno ubytovatele, kterého si může policie ověřit. Při pohovoru japonská policie očekává a serióznost a jakékoliv zatajování informací může být důvodem k zadržení a následné deportaci cestovatele zpět do ČR. Nutno podotknout, že japonská policie a imigrační kontrola je zcela nekompromisní a neoblomná.

V Japonsku se přísně trestá nelegální práce. Proto, jakmile imigrační policie nabude podezření, že cílem cesty občana není turistika, ale nelegální zaměstnání, či jiná trestná činnost, nevpustí ho do země. Občan pak musí čekat na letišti na nejbližší let do ČR a pokud není ten den v letadle volné místo , je nucen přespat v letištním hotelu, kde si sám hradí všechny náklady, včetně policejní ochranky.