Funkce zvláštních zmocněnců jsou zřizovány k systematickému sledování určitého tématu vysoké politické důležitosti, vyžadujícímu vzájemnou informovanost a koordinaci většího počtu útvarů MZV, případně mezirezortní koordinaci. V rozhodnutí o zřízení konkrétní funkce zvláštního zmocněnce ministr stanoví, ve kterém útvaru bude tato funkce zařazena, a vymezí okruh a zaměření činnosti daného zvláštního zmocněnce. Zvláštní zmocněnec zejména:

• jedná s  vedoucími příslušných útvarů MZV o realizaci dílčích úkolů k dosahování cílů souvisejících se sledovaným tématem,
• předkládá vedení MZV ke sledovanému tématu informace, analýzy a náměty,
• vede v oblasti své působnosti jednání mimo rezort a na mezinárodní úrovni.

V současnosti jsou na MZV zřízeny funkce:

• zmocněnec pro krajanské záležitosti
• zmocněnec pro vědu a technologie
• zmocněnec pro Afghánistán a Pákistán
• zmocněnec pro otázky energetické bezpečnosti
• zmocněnec pro otázky Východního partnerství