Není pravda, že se ministr Schwarzenberg nezabýval IT zakázkami na svém úřadě. Podezření prověřovala na jeho popud Generální inspekce ministerstva zahraničí. Ministr nechal vypracovat nezávislou analýzu zakázek externí firmou. V době prověřování zakázek ministr Schwarzenberg odvolal 2 odpovědné pracovníky ministerstva, kteří nepostupovali při šetření případů dostatečně rychle a razantně.

MZV podalo v souvislosti s podezřelými smlouvami celkem čtyři trestní oznámení, která však policie odložila.  MZV má přesto nadále zájem na tom, aby veškeré případné podezřelé zakázky vyšetřeny byly. Pokud by se objevily jakékoli nové skutečnosti, které by mohly vyšetření napomoci, je MZV připraveno je policii znovu předat.

Od nástupu ministra Schwarzenberga do funkce v létě 2010 se proces a kontrola zadávání zakázek ve všech oblastech včetně IT výrazně zdokonalil. Průhlednost a efektivita zakázek je zajištěna i průhledností rozpočtu MZV. O dnešní efektivitě činnosti vypovídá i objem prostředků vynakládaných na MZV v oblasti IT, který poklesl oproti období, ze kterého pochází většina prověřovaných zakázek, o celou polovinu (ze 370 milionů v r.2009 na 190 milionů v r. 2012). Pokud pan Klouzal dnes tvrdí, že „jeho zásluhou MZV ušetřilo 1,2 mld Kč“, jedná se ve světle reálných čísel o evidentní nesmysl.

MZV není známo, že by pan Klouzal podal ve vztahu k podezřelým zakázkám nějaké trestní oznámení, ani že by předal policii důkazní nebo jiné materiály, o kterých mluvil ve svých veřejných vystoupeních. MZV proto pana Klouzala vyzývá, aby tak neprodleně učinil, protože jinak může tímto postupem bránit policii ve vyšetřování. Pokud má informace o tom, že se na ministerstvu zahraničí snad dále manipulují veřejné zakázky, MZV žádá, aby sdělil konkrétní informace a zjištění policii.

Není pravdivé tvrzení, že ministerstvo donutilo pana Klouzala rezignovat na funkci ředitele jednoho z IT odborů, rezignoval sám. Jeho rezignace byla pro všechny překvapením, ale byla vnímána jako gesto zklamání z toho, že nebyl povýšen do funkce vrchního ředitele, jak si zřejmě představoval.

Je nepochopitelné tvrzení, že panu Klouzalovi byla nabídnuta pozice, na kterou neměl kvalifikační předpoklady. Postup MZV byl v plném souladu se zákoníkem práce, jednalo se dokonce o místo v odboru, který předtím sám řídil. Konečné posouzení této záležitosti přísluší soudu.

Není pravdivé tvrzení, že ministerstvo podávalo reference o panu Klouzalovi.  MZV nikdy neposkytuje informace o zaměstnancích třetím subjektům.

Pan Klouzal ve svých veřejných tvrzeních bohužel na druhou stranu vynechal řadu faktů:

• Po celou dobu pracoval jako ředitel IT odboru, který požadavky na IT služby specifikoval, připravoval,  nebo se na jejich přípravě podílel. Některé projekty, které dnes charakterizuje jako nepotřebné, sám navrhl a schválil.
• Za hlavního autora machinací označuje vrchního ředitele ministerstva, který v této pozici působil od února 2008 a s nímž MZV v září 2009 rozvázalo pracovní poměr právě pro podezření v souvislosti se zakázkami. Dotyčný vrchní ředitel si po nástupu do funkce sám vybral za podřízeného ředitele právě pana Jakuba Klouzala. Ten do této pozice na ministerstvo nastoupil v dubnu 2008 a působil v ní až do své rezignace v srpnu 2011.
• V době, kdy MZV začalo rozkrývat podezřelé zakázky a prověřovat i podněty ředitele Klouzala, požadoval pro sebe záruku beztrestnosti. Takovou záruku však nejsou orgány výkonné moci schopny poskytnout.

Ministerstvo zahraničních věcí pod vedením pana ministra Karla Schwarzenberga věnuje všem zadávaným zakázkám, včetně zakázek v IT oblasti, soustředěnou pozornost, a to i nad rámec toho, co ukládá příslušný zákon. Pro vyšetření pochybení, k nimž zřejmě mohlo v této oblasti v některém dřívějším období dojít, učinilo vše, co bylo v jeho možnostech.

Jednoznačný zájem MZV na řádném vyšetření trvá, a proto vítá každou zákonně a transparentně vedenou aktivitu, která k tomu může přispět.

V souvislosti s opětovnými útoky bývalého zaměstnance Jakuba Klouzala v médiích  Ministerstvo zahraničních věcí ČR aktualizuje své prohlášení, vydané v této záležitosti v říjnu 2012.