Usnesením vlády ČR č. 32 ze dne 11.1. 1999 byl zřízen Výbor pro koordinaci zahraniční bezpečnostní politiky (VKZBP) jako stálý pracovní orgán Bezpečnostní rady státu pro vnitrostátní koordinaci zahraniční bezpečnostní politiky.

Výbor zabezpečuje koordinaci plánovacích, přípravných opatření v oblasti zahraniční bezpečnostní politiky, posuzuje a projednává zahraničně politickou přijatelnost návrhů na zapojení České republiky do mezinárodních operací na obnovení a udržení míru a do mezinárodních humanitárních operací. Mezi jeho hlavní oblasti činnosti patří jednak koordinace vnitrostátních aktivit ministerstev a dalších úřadů státní správy při plnění úkolů a závazků spojených s členstvím České republiky v mezinárodních bezpečnostních organizacích (OSN, NATO, OBSE, ZEU), jednak otázky spojené s regionální bezpečností, jako např. posuzování příslušných rizik z hlediska jejich potenciálního dopadu na bezpečnost a zájmy České republiky.

Dne 25. 3. 1999 se za účasti členů Výboru a zástupců zpravodajských služeb (BIS, ÚZSI, VZ) uskutečnilo 1. jednání Výboru, které schválilo Organizační řád výboru a metodiku vnitrostátní koordinace zahraniční bezpečnostní politiky. Dne 24.5. 1999 se uskutečnilo 2. jednání Výboru, které vyslechlo informace k aktuálním otázkám spojených se členstvím ČR v NATO.

Pro plnění hlavních úkolů zřídil Výbor dva podvýbory:

• Podvýbor pro regionální krize, jehož hlavní oblastí je příprava návrhů postupů
  (zpracování a projednání materiálů) v oblasti zahraniční bezpečnostní politiky v případě rizikových situací, tj. v případě vzniku regionálních krizí bezprostředně neohrožujících bezpečnost České republiky, resp. v oblastech nestability, které se mohou změnit v ohniska regionálních krizí. Podvýbor posuzuje a projednává zahraničně politickou přijatelnost návrhů na možné zapojení České republiky do mezinárodních operací na obnovení a udržení míru a do mezinárodních humanitárních operací. První jednání podvýboru se za předsednictví zástupce MZV uskutečnilo 25.3.1999 v souvislosti s eskalací krize v Kosovu. V souvislosti s dalším vývojem krize v Kosovu byla v rámci podvýboru zřízena odborná pracovní skupina pro humanitární pomoc. Role Podvýboru se plně rozvinula v roce 1999 v průběhu kosovské krize, kdy byl svolán celkem 15x, naposledy 5.10.1999, kdy zhodnotil zkušenosti z průběhu kosovské krize. V roce 2000 byla činnost Podvýboru utlumena.
• Podvýbor pro spolupráci s mezinárodními bezpečnostními organizacemi
  (OSN, NATO, OBSE, ZEU), jehož hlavní oblastí činnosti je koordinace vnitrostátních aktivit ministerstev a dalších ústředních orgánů státní správy při plnění úkolů a závazků spojených s členstvím České republiky v mezinárodních bezpečnostních organizacích.