Obecně je přeshraniční spolupráce definována Evropskou rámcovou úmluvou o přeshraniční spolupráci z 21.5.1980 (tzv. Madridská úmluva), ke které ČR přistoupila 22.6.1998.

Komise a skupiny se schází jednou za 12 či 18 měsíců střídavě v ČR a partnerské zemi, na každém zasedání je schvalován závěrečný protokol. Členy komisí a pracovních skupin jsou zástupci státní správy, hospodářských komor, euroregionů a krajů ČR a partnerských zemí, na zasedání v příhraničí jsou zváni rovněž představitelé měst a obcí regionu.

Okruhy spolupráce všech přeshraničních pracovních skupin a komisí jsou v zásadě stejné. Soustředí se na aktuální otázky kooperace v oblastech dopravní infrastruktury, obchodní výměny, životního prostředí, spolupráce policejních a záchranných složek, kulturní, školské a mládežnické výměny a d.

Česko–saská mezivládní pracovní skupina

Byla zřízena na základě Společného prohlášení ministerského předsedy Svobodného státu Sasko a předsedy vlády České republiky ze dne 5.12.1992 v návaznosti na Smlouvu mezi ČSFR a SRN o dobrém sousedství a vzájemné spolupráci ze dne 27.2.1992. Spolupředsedy skupiny jsou ředitel Odboru států střední Evropy MZV ČR a vedoucí Referátu mezinárodní a regionální spolupráce Saské státní kanceláře v Drážďanech. 

Česko-bavorská mezivládní pracovní skupina

Byla ustanovena v návaznosti na Ujednání předsedů vlád České republiky a Svobodného státu Bavorsko ze dne 11. července 1990. Spolupředsedy skupiny jsou ředitel Odboru států střední Evropy MZV ČR a vedoucí Referátu mezinárodních vztahů Bavorské státní kanceláře v Mnichově.

Česko-saská i česko-bavorská pracovní skupina mají v současné době sedm pracovních podskupin:

1. Hospodářství, turistika a doprava
2. Zdravotnictví a sociální věci
3. Vnitro
4. Kultura, vzdělávání a věda
5. Spravedlnost
6. Územní plánování, spolupráce krajů a euroregiony
7. Životní prostředí, zemědělství a lesní hospodářství

Česko-polská komise pro přeshraniční spolupráci

Funguje v návaznosti na Dohodu mezi vládou České republiky a vládou Polské republiky o přeshraniční spolupráci ze dne 8. 9. 1994. Spolupředsedy skupiny jsou ředitel Odboru států střední Evropy MZV ČR a zástupce ředitele Odboru EU a mezinárodní spolupráce Ministerstva vnitřní správy Polské republiky.  

Česko-polská mezivládní komise má deset pracovních skupin, z nichž poslední tři jsou v současné době deaktivovány.

1. Hospodářství, obchod a dopravní infrastruktura
2. Boj proti katastrofám, živelním pohromám, haváriím a odstraňování jejich následků
3. Ochrana životního prostředí
4. Euroregionální spolupráce
5. Rozvoj regionu pohraničí a podpůrných programů
6. Migrace pracovních sil a sociální pojištění
7. Zdravotnictví
8. Kulturní rozvoj
9. Vzdělávání a výměna mládeže
10. Zemědělství a potravinářský průmysl