Po vzniku Jihosúdánské republiky v červenci 2011 byly v prosinci 2012 navázány diplomatické vztahy s ČR. V březnu 2013 předal jako první velvyslanec ČR Marek Libřický pověřovací listiny do rukou prezidenta Salvy Kiira.

Hned v průběhu roku 2013 navštívil Jižní Sudán náměstek ministra zahraničních věcí Tomáš Dub a po něm ministr zahraničních věcí Jan Kohout. Oba byli doprovázeni podnikatelskou delegací. Jižnímu Súdánu je poskytována humanitární pomoc prostřednictvím českých nevládních organizací a pro akademický rok 2014/15 získal také 3 vládní stipendia.