Η σύναψη των διπλωματικών σχέσεων μεταξύ της Τσεχικής Δημοκρατίας και της Ελλάδας έγινε παράλληλα με τη διαίρεση της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Τσεχοσλοβακίας την 1η Ιανουαρίου του 1993. Οι διπλωματικές σχέσεις με την πρώην Τσεχοσλοβακία είχαν συναφθεί το 1920, δύο χρόνια μετά την ανακήρυξη του ανεξάρτητου τσεχοσλοβάκικου κράτους.

Στις 3-3-1920 η Ελληνική Πρεσβεία στη Ρώμη ενημέρωσε την Τσεχοσλοβάκικη Διπλωματική Αρχή στη Ρώμη ότι ο Πρέσβης κος Χαράλαμπος Σιμόπουλος είχε ορισθεί ως Πρέσβης της Ελλάδας στην Τσεχοσλοβακία, και ταυτόχρονα ζήτησε για τον ορισμό αυτό την έγκριση της τσεχοσλοβακικής πλευράς. Η Τσεχοσλοβακία έδωσε την έγκρισή της με τηλεγράφημα στις 22-3-1920. Δε γνωρίζουμε τη συγκεκριμένη πράξη της σύναψης των διπλωματικών σχέσεων, ούτε γνωρίζουμε την ημερομηνία της παραλαβής του αναφερόμενου τηλεγραφήματος από την ελληνική πλευρά. Γι' αυτό μπορούμε να βγάλουμε μόνο το συμπέρασμα ότι την ημέρα της επίδοσης των διαπιστευτηρίων από τον Έλληνα Πρέσβη κο Σιμόπουλο στις 25-5-1920 οι διπλωματικές σχέσεις είχαν ήδη συναφθεί. Η διπλωματική αρχή της Τσεχοσλοβακίας στην Αθήνα άρχισε τη λειτουργία της στις 8-4-1922, την ημέρα που ο πρώτος Πρέσβης της Τσεχοσλοβακίας Karel Mečíř επέδωσε τα διαπιστευτήριά του στο Βασιλέα της Ελλάδας.

 

Ο πρώτος Πρέσβης της Τσεχοσλοβακίας στην Ελλάδα Karel Mečíř
 

Στις 15-3-1939 οι διπλωματικές σχέσεις των δυο χωρών διακόπηκαν και οι Γερμανοί κατέλαβαν τη Διπλωματική Αρχή της Τσεχοσλοβακίας. Οι σχέσεις αποκαταστάθηκαν στις 3-6-1942 όταν ο Βασιλέας της Ελλάδας έδωσε την έγκριση του για το διορισμό του Πρέσβη P.Baráček-Jacquier. Την περίοδο κατά την οποία η έδρα της ελληνικής κυβέρνησης λόγω πολέμου είχε μεταφερθεί στην Αίγυπτο διαπιστεύθηκε στο Κάιρο ο απεσταλμένος της εξόριστης τσεχοσλοβάκικης κυβέρνησης J.Šejnoha. Η λειτουργία της Τσεχοσλοβάκικης Διπλωματικής Αρχής στην Αθήνα είχε διακοπεί μέχρι τις 23-2-1945. Το διάστημα 1945-49 η Τσεχοσλοβακία διατηρούσε στην Αθήνα μόνο ένα γραφείο συνδέσμου με την Πρεσβεία της Τσεχοσλοβακίας στο Κάιρο η οποία εκπροσωπούσε τα συμφέροντα της Τσεχοσλοβακίας και στην Ελλάδα. Η τσεχοσλοβάκικη διπλωματική αποστολή επαναλειτούργησε στην Αθήνα ξανά το 1954. Τα πρώτα δύο χρόνια η λειτουργία της περιορίστηκε στο βαθμό των επιτετραμμένων.

 

'

Η πρόσοψη του κτιρίου της Πρεσβείας της Τσεχοσλοβακίας στην οδό Σέκερη
στο κέντρο της Αθήνας (φωτογραφία από το 1956)
 

Στις 10-9-1964 ανακοινώθηκε στα μέσα μαζικής ενημέρωσης η απόφαση των κυβερνήσεων των δυο χωρών να αναβαθμισθούν οι διπλωματικές τους αρχές σε Πρεσβείες. Από τότε οι χώρες εκπροσωπούνται με Πρέσβεις, εκτός από ένα μικρό διάστημα μετά τη διαίρεση της Ομοσπονδίας της Τσεχοσλοβακίας (Ιανουάριος 1993-Απρίλιος 1994) όποτε η διεύθυνση της Πρεσβείας της Τσεχίας στην Αθήνα είχε ανατεθεί προσωρινά σε επιτετραμμένο.