高等教育由高等教育机构、高等职业学校和音乐学院提供。进入这一教育水平的最低入学要求是中学毕业后颁发的毕业证书。每个高等教育机构决定自己的入学标准和入学考试的内容。             

高等教育由三个部分组成：             
学士学位课程，持续3-4年             
硕士学位课程，持续1-3年            
博士学位课程，持续3-4年             

每学年有12个月：开课时间由校长制定，通常为九月或十月。学年由学期、年或教学模块构成，涵盖教学活动、考试和节假日的时间。最常见的是每学年分成两学期，每学期有14周的教学活动，接着是一段时间的考试。具体信息请参照有关院校的内部规定。             

完成学士学位和硕士学位课程的学习后，学生参加期末考试，包括论文答辩。学士学位课程的毕业生通常被授予学士学位。硕士学位课程的毕业生最常获得Mgr或Ing学位。然而，在捷克共和国也存在其他类型的考试和学术职称。完成博士学习后，学生参加博士学位考试和论文答辩，之后他们被授予哲学博士学位或神学博士学位。