Tematické priority vycházejí z Programu spolupráce České republiky a Moldavska na období 2018-2022, jedná se o následující priority: řádná demokratická správa věcí veřejných, udržitelné nakládání s přírodními zdroji, zemědělství a rozvoj venkova a inkluzívní sociální rozvoj. Na konci tohoto roku je plánována revize Programu spolupráce, která zohlední případné změny v rozvojových prioritách Moldavska. V Plánu je navrhována především kontinuita rozvojové spolupráce, která staví na potřebách Moldavska  a přidané hodnotě České republiky jako donora. Zároveň budou projekty realizovány tak, aby zohledňovaly dopady pandemie COVID-19 a posilování odolnosti vůči budoucím krizím.

Nad rámec těchto schválených finančních prostředků budou v Moldavsku realizovány malé lokální projekty, projekty transformační spolupráce, projekty zaměřené na podporu nezávislých médií a na posilování kapacit vysokých škol. Další prostředky jsou určeny na projekty bezpečnostní a ekonomické spolupráce, pokračovat bude i program podpory inovativních řešení, který je realizován ve spolupráci s UNDP. Česká republika také každoročně financuje vládní rozvojová stipendia pro moldavské studenty.