Prioritățile tematice se bazează pe Programul de cooperare al Republicii Cehe și Moldovei pentru perioada 2018-2022, acestea sunt următoarele priorități: buna guvernare democratică, gestionarea durabilă a resurselor naturale, agricultura și dezvoltarea rurală și dezvoltarea incluziunii sociale. O revizuire a Programului de cooperare este planificată pentru sfârșitul acestui an, care va lua în considerare posibilele schimbări ale priorităților de dezvoltare ale Moldovei. Planul propune în primul rând continuitatea cooperării pentru dezvoltare, care se bazează pe nevoile Moldovei și pe valoarea adăugată a Republicii Cehe ca donator. În același timp, proiectele vor fi puse în aplicare pentru a lua în considerare efectele pandemiei COVID-19 și consolidarea rezistenței la viitoarele crize.

Pe lângă aceste fonduri aprobate, în Moldova vor fi implementate Proiectele Mici Locale, proiecte de cooperare de TRANSFORMARE, proiecte care vizează sprijinirea mass-media independente și consolidarea capacității universităților. Fonduri suplimentare sunt destinate proiectelor de cooperare economică și de securitate, iar programul de sprijin pentru soluții inovatoare, care este implementat în cooperare cu PNUD, va continua. Republica Cehă finanțează, de asemenea, burse guvernamentale pentru studenții moldoveni în fiecare an.