Protokolem č. 11 mj. došlo ke sloučení dosavadních dvou soudních orgánů – Evropské komise a Soudu – do jednoho stálého soudního orgánu, ESLP. Všechny podané individuální stížnosti tak nově posuzoval přímo ESLP, ve většině případů v sedmičlenných senátech, pokud stížnost nebyla jednomyslně odmítnuta jako zjevně nepřijatelná výborem tří soudců. V mimořádných případech, týkajících se zvláště závažných otázek výkladu EÚLP nebo závažných otázek obecného dopadu, byla zavedena možnost požádat ve lhůtě tří měsíců o postoupení Velkému senátu složenému ze sedmnácti soudců (předseda ESLP, místopředsedové, předsedové senátů, národní soudce a další soudci dle systému rotace). Rozhodnutí Velkého senátu, pokud mu byla věc postoupena, jsou konečná bez možnosti dalšího odvolání. Dohled nad výkonem rozsudků a jejich plnění vládami členských států byl svěřen výhradně Výboru ministrů Rady Evropy (jejímu exekutivnímu orgánu), aniž by však tento mohl zasahovat do probíhajících řízení před vynesením konečného rozsudku.

Protokol č. 11 tedy nastavil soudní systém Rady Evropy tak, jak jej známe doposud a umožnil formou individuálních stížností přímý přístup k mezinárodní ochraně lidských práv a svobod více než 820 miliónům občanů členských států Rady Evropy.