Çek Cumhuriyeti İstanbul Başkonsolosluğu, Çekoslovak Sosyalist Cumhuriyeti ve Türkiye Cumhuriyeti arasında 15 Kasım 1977 tarihinde Ankara'da imzalanan konsolosluk anlaşması çerçevesinde görev yapar.

Başkonsolosluk görev çevresi aşağıda yeralan illeri içerir.

İstanbul, Ardahan, Artvin, Balıkesir, Bartın, Bayburt, Bilecik, Bolu, Bursa, Çanakkale, Çorum, Düzce, Edirne, Erzurum, Giresun, Gümüşhane, Karabük, Kars, Kastamonu, Kırklareli, Kocaeli, Ordu, Rize, Samsun, Sakarya, Sinop, Tekirdağ, Trabzon, Yalova ve Zonguldak.

Başkonsolosluk iki bölümden oluşur:

• İdari ve Vize Bölümü

• Ekonomi ve Ticaret Bölümü