Velké nesnáze mohou způsobit cestovatelům jejich zdravotní problémy. V Japonsku je nutné počítat s vysokými náklady na zdravotní péči i za drobná ošetření. Proto se doporučuje uzavřít před cestou do země kvalitní cestovní pojištění, pokrývající také náklady na repatriaci. Je nutné rovněž počítat s tím, že většina lékařů hovoří pouze japonsky. Úroveň zdravotnických služeb vcelku odpovídá běžnému standardu zemí EU.
Telefonní čísla pro tísňová volání:

POLICIE - tel.: 110

HASIČI/AMBULANCE/ZÁCHRANNÁ SLUŽBA - tel.: 119

POBŘEŽNÍ HLÍDKA- tel.: 118

V případě potřeby je možné použít další níže uvedená telefonní čísla:

JAPAN HELPLINE - tel.: 0120 46 1997 (bezplatná linka), 0570 000 911
Služba poskytuje rady v naléhavých situacích v anglickém jazyce 24 hodin.
http://www.jhelp.com/en/jhlp.html

TOKYO METROPOLITAN MEDICAL INSTITUTION INFORMATION – tel.: 03/5285 8181
Služba poskytuje bezplatné konzultace ohledně zdravotní péče v anglickém jazyce.
https://www.byouin.metro.tokyo.lg.jp/english/medical_information/

AMDA /International Medical Information Center/ - tel.: 03/5285 8088 /Tokio/, 050/3598 7574 /Osaka/
Služba poskytuje bezplatné konzultace ohledně zdravotní péče v anglickém jazyce.
https://www.amdamedicalcenter.com/activities

FOREIGN RESIDENTS' ADVISORY CENTER TOKYO – tel.: 03/5320 7744
Konzultační služba tokijského metropolitního úřadu; poskytuje pomoc např. při dopravní nehodě v anglickém jazyce.
https://www.metro.tokyo.lg.jp/english/guide/guide01.html

IOM /International Organization for Migration/ - tel: 03/3595 2487
Organizace řeší migrační problémy včetně pomoci s vycestováním z Japonska.
https://www.unic.or.jp/info/un_agencies_japan/iom/?lang=en

JAPAN NATIONAL TOURISM ORGANIZATION – tel.: 03/3201 3331
Služba poskytuje turistické informace v anglickém jazyce.
http://www.jnto.go.jp/eng/