Spor se týkal kontrol v zemědělství, které jsou prováděny přímo na místě, a to různými kontrolními orgány. Podle názoru Komise nemohou být tyto kontroly prováděny v rozmezí delším než 14 dní, resp. 48 hodin u kontrol zvířat. Tento názor Komise nemá žádnou oporu v unijním právu, příslušný předpis totiž tyto lhůty spojuje s předchozím oznámením kontroly, tedy se sdělením zemědělci, že k němu v určitý den přijedou kontroloři. Komise však tvrdila, že první kontrola fakticky avizuje další.

Tribunál dal v plném rozsahu za pravdu Česku, navíc upozornil Komisi, že její požadavek by ve skutečnosti naopak efektivitu kontrol snížil. Příslušné orgány kontrolují celou řadu požadavků, které mají být plněny v různých obdobích. Pokud by rozmezí mezi jednotlivými kontrolami nesmělo překročit výše zmíněné lhůty, nebylo by možné jednotlivé požadavky kontrolovat v nejpříhodnějším termínu. Vhodná období pro kontrolu jednotlivých požadavků se totiž nemusí vždy překrývat (typicky kontroly sečí a souvisejících povinností je zapotřebí provést v letním období, které se v zásadě nepřekrývá s termíny, kdy lze zkontrolovat použití hnojiv a přípravků na ochranu rostlin). Rozsudek tedy potvrdil, že systém kontrol v České republice nebyl v rozporu s unijním právem. Sporná částka (cca 3,8 milionu Kč) by měla být vrácena do státního rozpočtu.