K zajištění účinnosti této Smlouvy v České republice není tedy třeba transformovat ji do vnitrostátního právního předpisu, jako je tomu v některých jiných členských státech EU, například ve Spolkové republice Německo.

Výše uvedené však samozřejmě nebrání přijetí prováděcích předpisů k Lisabonské smlouvě, které umožní či usnadní uplatňování práv a povinností v této Smlouvě zakotvených.

K zajištění takovéto provázanosti Lisabonské smlouvy s právním řádem ČR přijal Parlament ČR ještě před tím, než byla Smlouva v České republice ratifikována, tzv. „lisabonskou“ novelu zákona o jednacím řádu Poslanecké sněmovny a zákona o jednacím řádu Senátu (zákon č. 162/2009 Sb.).

Jedním z důležitých přínosů Lisabonské smlouvy je totiž významné posílení úlohy vnitrostátních parlamentů v rámci rozhodovacích procesů na unijní úrovni. „Lisabonská“ novela jednacích řádů reaguje právě na toto posílení role národních parlamentů a upravuje postupy, jež umožní Poslanecké sněmovně a Senátu Parlamentu ČR efektivně využívat nové mechanismy zaváděné Lisabonskou smlouvou. Zmíněná novela jednacích řádů upravuje například projednávání návrhů evropských aktů v obou komorách Parlamentu ČR, zakotvuje postup pro podání žaloby na porušení principu subsidiarity a v neposlední řadě i uplatnění práva veta Poslaneckou sněmovnou či Senátem vůči návrhu rozhodnutí Rady či Evropské rady.

Tato novela jednacích řádů však také zakotvuje tzv. „vázaný mandát vlády“ pro některá rozhodování v Radě a v Evropské radě. Podle tohoto mechanismu v určitých případech rozhodování v uvedených orgánech EU nebude moci zástupce vlády ČR vyslovit souhlas s návrhem rozhodnutí bez předchozího souhlasu Poslanecké sněmovny a Senátu Parlamentu ČR. Mandát vlády k vyslovení souhlasu s rozhodnutím bude tedy vázán na předchozí souhlas obou komor Parlamentu ČR.