Brzy se však objevily vážné pochybnosti o oficiálně šířené „sebevražedné“ verzi. Už na pohřbu J. Masaryka 13. března 1948 jeho švagrová Míla Slavíčková odvážně prohlásila, že se určitě jednalo o politickou vraždu. Veřejně tyto pochybnosti vyjádřil i Masarykův osobní lékař MUDr. Oskar Klinger záhy po své emigraci v dubnu 1948. Jeho hypotéza o vraždě byla otištěna 21. srpna 1948 v článku O. Henry Brandona „Byl Masaryk zavražděn?“ v britském časopise The Saturday Evening Post. Veškeré šetření o smrti J. Masaryka však bylo prakticky od počátku pod pečlivým dozorem tehdejšího šéfa Úřadu státní bezpečnosti ministerského rady JUDr. Jana Hory, který nepřipouštěl jiný než oficiální výklad. Mnozí lidé z blízkého okolí J. Masaryka sebevražednou verzi nikdy nepřijali a i dnes se většina pamětníků, historiků a kriminalistů kloní k verzi o vraždě. Ke stejnému závěru došly i výsledky posledního šetření z let 2003 – 2004. Ani jedna z hypotéz však nebyla prokázána nad veškerou pochybnost a nadále zůstává řada nezodpovězených otázek. Lze se jen dohadovat, zda tuto tragédii někdy objasní zatím mlčící britské a ruské archivy. Jisté je jen to, že smrt Jana Masaryka se stala symbolickou tečkou za likvidací demokracie v Československu.

Archiv MZV dnes uchovává pouze kopie základní dokumentace vztahující se ke smrti Jana Masaryka a kopie fotografií, pořízených v den smrti inspektorem Jaromírem Holoubkem z Kriminalistického ústavu. Vladimír Clementis, nástupce J. Masaryka ve funkci ministra zahraničí, si v září 1948 vyžádal od ministerstva vnitra originály v souvislosti s cestou na III. Valné shromáždění OSN v Paříži. Chtěl mít tyto podklady pro případ, že na otázku smrti J. Masaryka bude v průběhu zasedání dotázán některým z delegátů. V této složce zůstaly originální dokumenty i po Clementisově popravě 3. prosince 1952. V roce 1965 pak byly navráceny ministerstvu vnitra, zatímco pro archiv MZV byly pořízeny kopie.

Pramen: Archiv MZV, SM-T, 1945 – 1963, karton 3.