MZV ČR se při používání  vlajky EU řídí především zákonem č.352/2001 Sb., o užívání státních symbolů ČR a o změně některých  zákonů, ve znění  pozdějších předpisů.

Mimo to byly vytvořeny Zásady a pravidla  jednotné protokolární praxe v ČR. Výňatek o používání vlajky:

1.12.    Vlajková výzdoba

Pravidla a zásady postupu při používání a vyvěšování státní vlajky ČR se řídí zákonem č. 3/1993 Sb., o státních symbolech České republiky ve znění pozdějších předpisů.

Je-li při vlajkové výzdobě použito vedle české státní vlajky i jiných vlajek, musí být státní vlajka ČR umístěna vždy na nejčestnějším místě. Při slavnostních příležitostech mezinárodní povahy musí být státní vlajka ČR použita v čele vlajek ostatních zastoupených států.

Nejčestnější místo státní vlajky ČR se stanoví při pohledu ze zdobeného objektu takto:

• a/       při dvou vlajkách na pravé straně
• b/      při lichém počtu vlajek uprostřed; druhé místo je po její pravé straně, třetí po její levé straně, čtvrté vpravo od druhého, páté vlevo od třetího atd.
• c/       při sudém počtu je nejčestnější místo uvnitř vpravo (tj. na pravé straně v prostřední dvojici); druhé místo v pořadí je vlevo od ní, třetí po její pravé straně, čtvrté vedle druhého, páté vedle třetího atd.

Pořadí při vyvěšování vlajek členských států EU se řídí názvem státu v jeho národním jazyce. Pořadí vlajek kandidátských zemí se řídí datem podání jejich přihlášky k EU.

Je-li společenská akce organizována  předsednickou zemí, její  vlajka se umístí na první místo, následují vlajky členských zemí  EU v abecedním pořadí dle jejich národních jazyků a vlajka EU se umístí na poslední místo. Při návštěvě člena Evropské komise se však v rámci vlajek členských států umístí vlajka EU na první místo.

Je-li společenská akce organizována  institucí EU, vlajka EU se umístí na první místo, následují vlajky ČS  EU v abecedním pořadí dle jejich národních jazyků.

Při vyvěšování vlajek členských zemí EU  mimo výše uvedených příležitostí se státní vlajka ČR umístí na první místo, následují vlajky ČZ EU v abecedním pořadí dle jejich národních jazyků a vlajka EU se umístí na poslední místo

Vlajky NATO lze užít při návštěvě vysokého představitele dané organizace v ČR nebo při společných členských akcích v tomto rámci pořádaných v ČR.
(stav k 29.3.2011)