З огляду на поступове поширення пандемії COVID-19 на всі континенти 9 лютого 2020 року чеський міністр закордонних справ висунув уряду пропозицію виділити 25 мільйонів чеських крон з бюджету МЗС на гуманітарну допомогу в боротьбі з пандемією COVID-19, зокрема в пріоритетних країнах двосторонньої міжнародної співпраці з розвитку. 9 квітня 2020 року чеський уряд цю пропозицію схвалив.

У зв’язку з цим рішенням МЗС ЧР готує дотацію, завдяки якій чеські неприбуткові гуманітарні організації у співпраці з чеськими виробниками медичної техніки та чеськими епідеміологами і лікарями, зможуть підтримати боротьбу з пандемією COVID-19 у Боснії та Герцеговині, Грузії, Камбоджі, Молдові та Україні. Окрім безпосередньої підтримки охорони здоров’я та гігієни, допомога буде спрямована також на соціальні та економічні наслідки, зокрема для сімей жертв пандемії. Дотацію буде оголошено до 17 квітня 2020 року, реалізація проєктів планується в перспективі від травня до кінця цього року. На цю дотацію буде виділено мінімум 15 мільйонів чеських крон.

Для допомоги вразливим країнам МЗС ЧР далі планує застосувати новий інструмент, а саме цільову грошову допомогу. Це дасть можливість постачати медичне обладнання чеського виробництва до конкретних медичних закладів, визначених дипломатичними представництвами Чехії в цільових країнах. На першому етапі на цільову допомогу буде виділено мінімум 10 мільйонів чеських крон. Її реалізація очікується в третьому кварталі цього року, зокрема у зв'язку з розвитком пандемії та ймовірним відновленням транспортних можливостей.  

Водночас МЗС ЧР аналізує можливості застосування інших  інструментів, включно з програмами допомоги для Африки, Іраку та Сирії. На наступному етапі чеському уряду будуть також подані пропозиції щодо підтримки з розвитку та економічної підтримки партнерських країн.

Ці заходи повністю відповідають організації гуманітарної допомоги Європейського Союзу під егідою так званої Команди Європи (Team Europe). 8 квітня 2020 року на неформальній зустрічі міністрів з питань розвитку відбулося обговорення щодо взаємної співпраці між державами-членами та Європейською комісією і європейськими фінансовими установами на чолі з Європейським інвестиційним банком та Європейським банком реконструкції та розвитку. В рамках цієї співпраці Чеська Республіка прагнутиме, зокрема, спільно охопити всі необхідні країни і сектори допомоги та пов’язати гуманітарні заходи і заходи щодо стабілізації та розвитку.

Уже в лютому цього року Чеська Республіка однією з перших десяти країн сумою 6 мільйонів чеських крон підтримала комплексний План екстреного реагування з подолання пандемії COVID-19, оголошений Всесвітньою організацією охорони здоров’я (ВООЗ). З цих фінансових ресурсів ВООЗ підтримує дослідження відповідних методів лікування та перевіряє дієвість наявних і нових лікарських препаратів та вакцин. Водночас вона надає епідеміологічну підтримку усім країнам, які цього потребують, та виступає посередником при наданні матеріальної допомоги. Також Чехія пожертвувала захисні засоби чеського виробництва для медичних працівників Італії, Іспанії та Китаю на суму майже 5 мільйонів чеських крон.