El inmueble sede de la actual Embajada incluyendo el terreno convertidos en jardines, fue comprado por Checoslovaquia el 8 de enero de 1972 por el valor de 11 millones de soles oro. Los vendedores fueron la pareja, Santiago Gerbolini Isola y Lyda Gaggero de Gerbolini, quienes compraron el mencionado terreno en 1952 a la Sociedad Agrícola Orrantia Limitada. El terreno tiene una superficie de casi 6 700 m² y los propietarios construyeron en él una casa, que más tarde se convirtió en la base de la futura Embajada y Residencia del Embajador. En la actualidad, la propiedad alberga además de la Embajada y la Residencia del Embajador, la oficina consular (la llamada "Casa Consular” o “Consulado").  La compra tuvo lugar durante el mandato del entonces Embajador, Josef Mejstřík (1971-1975).

Casi inmediatamente después de la compra comenzaron las obras de reconstrucción, durante las cuales se amplió la casa y se construyó el segundo piso en el departamento del Embajador. Fue justamente en esa época que también tuvo lugar la distribución del inmueble entre la Embajada y la Residencia del Embajador.

Durante la división de la República Federal Checa y Eslovaca en 1993, los activos de la federación se repartieron entre los dos estados sucesores, la República Checa y la República Eslovaca. El actual edificio de la Embajada pasó a la República Checa y el edificio del Departamento Comercial, que incluía el terreno en la calle Angamos 1626, San Isidro, pasó a la República Eslovaca, que estableció allí su Embajada. La República Checa estaba representada en ese momento por el Sr. Milan Řádek, Encargado de Negocios a. i. (1992-1994), la República Eslovaca estuvo representada por el Sr. Pavel Šipka Encargado de Negocios a. i.  

La República Checa adquirió la propiedad de la República Federal Checa y Eslovaca mediante sucesión gratuita el 24 de septiembre de 1993.

Sin embargo, tras años de uso, el inmueble se tuvo que adaptar a las nuevas necesidades y tareas. Por ello, en el año 2000 se llevaron a cabo pequeñas modificaciones estructurales, como la sustitución de las ventanas que no cumplían las normas de seguridad y se construyó un tanque de agua contra incendios.

Para aumentar la comodidad de los usuarios del Consulado, el último gran proyecto hasta la fecha ha sido la construcción de un edificio independiente usado por el departamento consular en el mismo inmueble de la Embajada.  A este edificio se accede desde la calle Baltazar la Torre. La construcción se llevó a cabo en el año 2011.