Diplomatické vztahy mezi bývalým Československem a Hondurasem byly navázány 12. března 1930. Československo otevřelo v Hondurasu honorární konzulát, který zde fungoval až do roku 1948. V diplomatických stycích v průběhu druhé světové války ani po jejím skončení nebylo pokračováno. K normalizaci vzájemných vztahů došlo až v roce 1976, kdy Československo akreditovalo v Hondurasu svého velvyslance se sídlem v Managui, Nikaragua.

Po rozdělení Československa byla diplomatické styky mezi ČR a Hondurasem navázány 12. ledna 1993.

ČR má v současné době v Hondurasu akreditováno velvyslanectví se sídlem v Mexiku. Od roku 1996 funguje v Hondurasu honorární konzulát ČR. Honduras má akreditováno v ČR velvyslanectví se sídlem v SRN (10555 Berlín, Cuxhavenerstrasse 14, tel.: 004930-39749710-11, fax: 004930-39749712, e-mail: informacion@embahonduras.de ).