Como parte de su estancia, participó también en el decimotercer año del Festival Internacional de Órganos en Oaxaca, que incluyó nueve conciertos tocados en ocho órganos diferentes, y además de la participación checa, participaron organistas de renombre mundial de todo el mundo. El embajador Zdeněk Kubánek, quien también asistió al concierto de Pavel Kohout en la iglesia de San Matías Jalatlaco, dijo: "Me complace que se haya llenado la capacidad hasta el último lugar, lo que demuestra la popularidad y la calidad de la producción de música clásica checa en México.

 Pavel Kohout terminó su estadía en México con un concierto en la Basílica de Santa María de Guadalupe, dedicada a la santa patrona de México. Más moderno, en el órgano alemán de la década de 1930, resonó obras clásicas de W. A. ​​Mozart, J. S. Bach, pero también de Antonín Dvořák o Bedřich Smetana. Su concierto fue acompañado por excelente joven soprano checo Iva Hlaváčková.