Ya como un estudiante estuvo muy interesado por la filosofía, la sicología, la historia y por el lenguaje. En el año 1872 entró a la Facultad de Filosofía de Viena donde estudió filosofía, economía teología, politología y ciencias naturales. Después de graduarse como Doctor siguió estudiando en la Universidad de Leipzig donde conoció a su esposa, una americana Charlotte Garrigue. Desde el año 1882 trabajó como Profesor en la Universidad de Carlos de Praga. Masaryk tenía una personalidad peculiar. Se esforzó en luchar contra las inclemencias de la vida social checa, contra el espíritu pequeñoburgués, así como contra el patriotismo nacional y provincionalismo.

A principios de los años noventa entró activamente a la vida política, entre los años 1891 y 1893 se desempeñó como Diputado del Consejo Imperial por el Partido Checo Nuevo. Después de dejar el cargo se dedicó nuevamente al labor académico y se puso al corriente con el movimiento socialista en Europa. Desde el principio del siglo XX Masaryk se daba cuenta de que en el Imperio Austro-Húngaro y en toda Europa, crecían los problemas que podrían convertirse en grandes conflictos. En el año 1907 entró nuevamente al Consejo Imperial como Diputado por el llamado Movimiento Realista.

Después del inicio de la Primera Guerra Mundial emigró primero a Suiza donde en el año 1915 proclamó el movimiento de Resistencia contra los Habsburgos y encabezó la Revolución Nacional y Demócrata de los Checos y Eslovacos. Llevó las negociaciones en Francia, Inglaterra, Rusia y en los Estados Unidos Americanos y organizó las tropas checas en el extranjero – las llamadas Legías.

El 18 de octubre de 1918 elaboró y firmó junto con el Dr. Edvard Beneš y Milan Rastislav Štefánik la "Proclamación de Independencia" (la llamada Declaración de Washington) la cual proclamó la República Checoslovaca independiente. En esta República nueva el día 11 de noviembre de 1918 fue electo el Primer Presidente Checoslovaco. Por su autoridad generalmente reconocida volvía a ser electo también en los años 1920, 1927 y 1934. Por una grave enfermedad renunció a ser Presidente en el año 1935 y el 14 de septiembre de 1937 murió en el Castillo de Lány.

Una de las citas de su obra filosófica "Ideales de la Humanidad", testifica la grandeza del espíritu de Masaryk contenida en su extensa obra la cual en muchas ocasiones tiene validez hasta en nuestros días: "El amor y la humanidad deben ser positivas. Muchas veces el odio, por ejemplo a otra nación, es considerado como el amor a la nación propia. Es más preciado no sentir este odio sino amar positivamente y un mundo moral totalmente nuevo se nos abrirá."