Jednu z největších mezinárodních aktivit v ochraně vod představuje mnohostranná spolupráce při ochraně Dunaje. Původně byla zahájena v osmdesátých letech formou Deklarace podepsané v Bukurešti v roce 1985, která se týkala samotné řeky Dunaje. V roce 1992 na podnět Evropských společenství zahájil činnost Environmentální program Dunaje podporovaný z mezinárodních zdrojů, který se týkal celého povodí Dunaje včetně jeho přítoků. Paralelně probíhaly práce na přípravě Úmluvy o spolupráci pro ochranu a únosné využívání Dunaje. Úmluva, která byla předložena k podpisu 29. června 1994 v Sofii, byla Českou republikou podepsána i ratifikována 10. března 1995. V platnost Úmluva vstoupila dne 22. října 1998. Smluvními stranami Úmluvy jsou Bosna a Hercegovina, Bulharsko, Česká republika, Chorvatsko, Maďarsko, Moldávie, Německo, Slovensko, Slovinsko, Srbsko, Černá Hora, Rakousko, Rumunsko, Ukrajina a Evropská společenství.

Hlavní cíle Úmluvy jsou:

• dosáhnout trvale udržitelného rozvoje vodního hospodářství, včetně ochrany a rozumného využívání povrchových a podzemních vod
• omezit nebezpečí havárií, při nichž uniknou látky nebezpečné vodám
• minimalizovat nebezpečí plynoucí z povodní a ledových jevů
• přispět ke snížení znečištění Černého moře ze zdrojů v povodí Dunaje

Pro naplňování cílů Úmluvy byla založena Mezinárodní komise pro ochranu Dunaje (MKOD), která se zavázala k plnění úkolů souvisejících s implementací Směrnice 2000/60/ES ustavující rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky v celém povodí Dunaje v souladu s článkem 3 této směrnice. Tomu odpovídá také struktura MKOD a jejích pracovních skupin.