Российская Федерация для Чешской Республики является многолетним стратегическим партнёром в области двусторонних торгово-экономических отношений. Значительную роль в координации и развитии экономических связей в свою очередь играет чешско-российская Международная комиссия по экономическому, промышленному и научно-техническому сотрудничеству.

Один из важнейших элементов развития экономических отношений – непосредственное сотрудничество с российскими регионами. В Северо-Западном Федеральном округе у Чешской Республики имеются Совместные рабочие группы по сотрудничеству с Санкт-Петербургом и Ленинградской областью. Главой чешской части таких групп является заместитель министра транспорта ЧР, Санкт-Петербург в этой функции представляет один из членов городского правительства, как правило, председатель Комитета по внешним связям, а Ленинградскую область – вице-губернатор региона. Последнее заседание Совместной рабочей группы с Санкт-Петербургом, 13-е по счёту, состоялось в Санкт-Петербурге в ноябре 2017 г., в свою очередь 10-е заседание подобной рабочей группы с Ленинградской областью прошло в мае 2011 г. в Санкт-Петербурге.