Zdravotnictví je v EU financováno v rámci několika výše zmíněných unijních programů. Například v rámci Evropského fondu pro regionální rozvoj je v letech 2007- 2013 alokováno pět miliard eur pro investice do zdravotnictví a z Evropského sociálního fondu jsou financovány priority jako např. elektronické zdravotnictví (eHealth) či zdravé stárnutí. Zdraví je také jednou z hlavních priorit 7. Rámcového programu pro vědu a výzkum.

Více informací o strukturálních fondech ve zdravotnictví a o financování zdravotní strategie EU naleznete na stránkách Evropské Komise nebo na stránkách Ministerstva zdravotnictví ČR.

Organizace zdravotnictví a poskytování zdravotní péče je na základě Smlouvy o fungování Evropské unie plně v kompetenci členských států. I přesto zůstává v oblasti veřejného zdraví prostor pro společné aktivity na unijní úrovni, a to především v rámci ochrany zdraví a bezpečnosti pacientů.

Hlavním finančním nástrojem pro realizaci cílů Evropského společenství v oblasti veřejného zdraví je tzv. 2. Akční program Společenství v oblasti zdraví pro období 2008- 2013. Tento program je financován přímo z rozpočtu EU. Má vést ke zlepšení ochrany zdraví občanů, podpoře zdravého životního stylu a šíření informací o zdraví a zdravém životním stylu, a to formou projektů, konferencí, akcí mezinárodních organizací či tzv. společné akce (Joint Action).