Na área de educação a cooperação mais significativa é o intercâmbio/estágio de estudantes e professores universitários assim como uma cooperação científica entre universidades. Todo ano estudantes de nível secundário deixam a República Tcheca, por um período sabático, para fazer intercâmbio no Brasil. Vários convênios foram assinados com algumas universidades dos dois países.

Em 2008, a República Tcheca e a República Federativa do Brasil assinaram um memorando visando a cooperação no campo da educação.