Při ztrátě nebo odcizení cestovního dokladu je třeba kontaktovat konzulární úsek velvyslanectví v Sarajevu na tel.: +387 033 587 061 (mimo pracovní dobu na tel.: 00387 66 906 195)   a následně se na něj osobně dostavit (adresa: Franjevačka 13, Sarajevo) k dalšímu řízení podle povahy případu a po dohodě s příslušným pracovníkem ZÚ. Na základě protokolu policie (v závislosti na okolnostech každého případu) vystaví ZÚ, po ověření totožnosti občana a jeho státního občanství ČR, náhradní cestovní doklad.

Doba potřebná k vydání náhradního cestovního dokladu vychází z doby nutné k ověření totožnosti a státního občanství. Občan může k rychlému vyřízení záležitosti přispět zejména poskytnutím správných a úplných údajů o své osobě a o svých rodinných příslušnících, které jsou pro ověření totožnosti nezbytné. Náhradní cestovní doklad je určen pouze k jednotlivé cestě (zpravidla k návratu do ČR) a doba jeho platnosti je za tímto účelem časově omezena.

Za účelem vydání náhradního cestovního dokladu musí občan předložit 2 identické fotografie obdélníkovitého tvaru o rozměru 35x45 mm a vyplnit formulář žádosti o vydání náhradního cestovního dokladu, který obdrží na konzulárním úseku velvyslanectví v Sarajevu. Dále musí předložit doklad totožnosti (má-li jej) a není-li z něho zřejmé státní občanství ČR, pak i doklad o státním občanství ČR (má-li jej). Pro účely vystavení náhradního cestovního dokladu může být totožnost potvrzena i jiným občanem, který je držitelem platného cestovního dokladu a dostaví se na zastupitelský úřad k podpesání příslušného prohlášení. Nemůže-li občan svou totožnost a státní občanství prokázat, zajistí jejich ověření zastupitelský úřad na základě občanem poskytnutých údajů.

Za vydání náhradního cestovního dokladu, pokud nebyl odcizen a občan ČR tedy nemá protokol z Policie, je stanoven správní poplatek ve výši 400 Kč, který je třeba zaplatit v hotovosti v místní měně na účet velvyslanectví, vedený u UniCreditBank Sarajevo, pobočka Zelenih Beretki 5.