Mezi univerzitou Sophia a Českou republikou existuje množství pojítek. Významný český jezuita Ludvík Armbruster (1928-2021) zde v letech 1969-1999 působil jako řádný profesor na filosofické fakultě. Po návratu z Japonska do ČR na přelomu tisíciletí se Ludvík Armbruster stal děkanem teologické fakulty Univerzity Karlovy a v roce 2011 vydal knihu rozhovorů „Tokijské květy“. České stopy jsou patrné také v kampusu univerzity. Tvůrcem jedné z hlavních budov (tzv. budova č. 7) je český architekt Antonín Raymond, jenž byl autorem i budovy č. 6, která byla v předchozích letech zbourána. Další budova v kampusu od významného českého architekta Jana Letzela byla v minulosti zničena zemětřesením. Univerzita Sophia v rámci partnerských dohod úzce spolupracuje s Univerzitou Karlovou a se soukromou Anglo-americkou univerzitou v Praze.

Během návštěvy se velvyslanec ČR setkal s rektorem Jošiaki Terumičim, se kterým hovořil mj. o historických vazbách mezi univerzitou a ČR. Za přítomnosti dalších představitelů univerzity, prorektora pro globální akademické záležitosti p. Tecuo Morišity a ředitelky kanceláře pro globální vzdělávání a spolupráci pí Kazumi Sato, následně velvyslanec ČR projednal další možnosti vyučování češtiny na univerzitě a rozšiřování studentské a akademické výměny s českými vysokými školami.