Úroveň zdravotnictví v Jihosúdánské republice je velmi nízká. Zdravotnická zařízení jsou velmi vzácná, zvláště pak mimo Jubu. Většina závažných zdravotních problému vyžaduje lékařskou evakuaci do zahraničí, nejblíže do Nairobi či Kampaly.
V Jižním Súdánu hrozí riziko řady infekčních onemocnění, vodu se proto doporučuje pít pouze balenou či převařenou a vyvarovat se konzumaci ledu v nápojích.
Před odjezdem se doporučuje kontaktovat centrum cestovní medicíny a konzultovat nezbytnost očkování a další profylaxe. Důležité je kvalitní cestovní zdravotní pojištění, pokrývající i případnou lékařskou evakuaci do zahraničí.