Před odjezdem se doporučuje kontaktovat centrum cestovní medicíny, které doporučí příslušná očkování, příp. další profylaxi. V Džibutsku se celoročně vyskytuje malárie. Je zde značně rozšířena prostituce a s ní spojené pohlavní choroby, včetně AIDS.
Úroveň místních běžných zdravotnických zařízení je poměrně nízká, zejména mimo metropoli; vyšší úroveň mají některé soukromé kliniky v hlavním městě a zejména tamější francouzské nemocnice Hôpital Général Peltier (tel. 00253 21 35 27 12) a Centre hospitalier des Armées-Bouffard (tel. 00253 21 35 13 51). Zásobování léky (z Francie) je relativně dobré. Při ošetření se zpravidla platí v hotovosti. Důležité je kvalitní cestovní zdravotní pojištění. Telefonní linka lékařské záchranné služby je 21 45 01 15.